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綜合目前對益生菌的研究，在腸胃道疾病的效果證實是比較有效，包括便秘與腹瀉的治療；至於過敏性疾病，除異位性皮膚炎（溼疹）可能有一點小幫助外，對過敏性鼻炎及氣喘無確定效果。

要使用益生菌的原則是：五不一沒有

1.不要忘記菌株特異性：菌株與劑量不同，效果就不同。

2.不要忘記疾病特異性：對不同疾病，效果不同。

3.不要忘記宿主特異性：對不同個體，效果不同。

4.不要「擴大一兩篇文獻重要性」。

5.不要忘記正統標準治療：益生菌只是輔助療法，不應忽視標準治療。

真的「沒有」副作用嗎：益生菌並非毫無副作用。

聯合國世界衛生組織對益生菌的定義為「能夠促進食用者健康的微生物」常見益生菌多為乳酸菌，主要有乳酸桿菌及比菲德氏乳酸菌。

刺胳針期刊報導，有過敏病史的孕婦於生產前2至4周，及產後哺乳期間的3至6個月，每日使用100億單位益生菌LGG，可降低幼兒2或4歲以前罹患異位性皮膚炎的機會及降低氣管發炎，但對過敏性鼻炎及氣喘的預防，沒有直接幫助。

就目前的研究顯示：益生菌可以預防嬰幼兒腹瀉及發燒，但無法防止呼吸道感染；益生菌治療異位性皮膚炎僅限於年幼病童皮膚炎及食物過敏的改善。對於過敏性鼻炎及結膜炎和氣喘，則無臨床效益。

選擇抗敏益生菌產品應注意：

1.成份菌株功能：益生菌因菌株不同而有不同功效，並非所有益生菌在調節過敏體質上皆表現傑出。

2.成份菌株耐酸鹼能力。

3.成份菌株腸道附著能力。

4.有效菌數。